1603年（慶長8年）に江戸幕府を開いた「徳川家康」（とくがわいえやす）は、当初、海外貿易に積極的で、貿易船を出して新たな貿易ルートを確保しようとします。

ところが当時の東南アジア周辺には「倭寇」（わこう）と呼ばれる海賊船が出没したため、江戸幕府は海外渡航許可証として朱印状を発行し、正式な貿易船であることを証明しました。この船を「朱印船」と呼びます。

江戸幕府は朱印状を発行することで貿易船を統制下に置き、朱印船以外の海外渡航を禁止。諸外国に対しても、朱印船以外とは取引をしないように求め、その利益の一部を江戸幕府に納めさせました。

徳川家康が初めて朱印状を発行したのは、江戸幕府樹立の翌年1604年（慶長９年）のこと。出発地と行き先、日付などが記載され、江戸幕府将軍の大きな印が朱色で押されていたことから朱印状と呼ばれました。江戸幕府の下で朱印船による貿易が行われた、およそ30年の間に、360通余りの朱印状が発行されたと言われています。

代表的な船主は、長崎代官「末次平蔵」（すえつぐへいぞう）、大坂商人「末吉孫左衛門」（すえよしまござえもん）、京都商人「角倉了以」（すみのくらりょうい）、「茶屋四郎次郎」（ちゃやしろうじろう）などです。

また島津氏や有馬氏、松浦氏といった九州の有力大名も名を連ねていました。朱印状は航海するたびに各船に1通ずつ必要で、帰国時に江戸幕府へ返却する決まりでした。

もちろん他の人に貸したり譲ったりすることは許されません。朱印状を入手した船主は、商品を購入するための銀や輸出品を揃え、船長、船員を雇って船を仕立てます。

船の大きさは、50人乗りの小型船から300人を超える大型船まで多種多様。茶屋四郎次郎の朱印船は長さ45m、幅8mもあったと言われます。造船技術、東南アジアまで遠征するために必要な最新の航海術などは、ヨーロッパ人からもたらされたものでした。

タイ王国アユタヤ 日本人町の石碑

朱印船の渡航先は、現在のフィリピン・ベトナム・タイ・カンボジアなどの東南アジア地域が中心で、中国産の生糸・絹織物・綿織物・砂糖・香木・薬草などを輸入し、銀や銅・銅銭・鉄・屏風（びょうぶ）・扇子などが日本から輸出されていました。

ヨーロッパ諸国とも東南アジア経由で盛んに取引が行われ、やがて各地に日本町と呼ばれる、日本人移住者達の集落を形成。当時、数百から数千人が商人として暮らしていました。

なかでも有名な人物が、駿河国（するがのくに：現在の静岡県中部、北東部）出身の「山田長政」（やまだながまさ）。1612年（慶長17年）頃に朱印船でタイへ渡った山田長政は、そこで日本町の頭領になりました。

のちにタイの中部地域を支配していた、アユタヤ国王「ソンタム」に気に入られ、側近に取り立てられます。しかし、国王が亡くなると後継者争いに巻き込まれ、山田長政は毒殺されてしまいました。

当初、貿易による利益を優先し、キリスト教布教を黙認してきた徳川家康でしたが、増え続けるキリスト教信者に次第に危機感を持つようになります。そのため、1612年（慶長17年）には「禁教令」（きんきょうれい：キリスト教の布教と信仰を禁じる法律）を出し、1616年（元和2年）には、江戸幕府第2代将軍「徳川秀忠」（とくがわひでただ）が、朱印状の発行制限を開始します。

そのあとも、キリスト教への弾圧と外国船の制限を徐々に強化。1631年（寛永8年）に、「奉書船制度」（ほうしょせんせいど）が開始されます。奉書船とは老中（ろうじゅう：江戸幕府の重職）が発行する奉書を携帯した貿易船のことで、以降、海外渡航には朱印状と奉書の両方が必要となり、朱印船貿易の規制はますます強化されました。

そして1635年（寛永12年）に日本人の海外渡航が全面禁止になると、朱印船貿易も廃止。江戸幕府の鎖国政策が完成するのは、6年後の1641年（寛永18年）のことでした。